Laguna San Rafael, Kustsjö i nationalparken Laguna San Rafael, regionen Aysén, Chile.

San Rafael-lagunen är en bågformad kustsjö på 123 km² i regionen Aysén, bildad av San Rafael-glaciärens tillbakagång vid norra Patagoniens inlandsis. I norr förbinds den med Moraleda-kanalen via Río Témpanos; i söder och väster ligger Ofqui-näset och Taitao-halvön. Isberg som kalvar från glaciären flyter på ytan.

I december 1675 nådde Antonio de Veas expedition San Rafael-lagunen via Témpanosfloden och noterade hårda vindar, San Rafael-glaciären och de sumpiga stränderna vid Ofqui-näset. Expeditionen nämnde inga isflak och uppgav att glaciären inte nådde långt in i sjön, vilket tolkats som att den lilla istidens verkningar ännu inte syntes där. År 1857 utforskade Francisco Hudson och Francisco Fonck sjön på jakt efter en passage söderut som slapp undvika halvön Tres Montes.

Lagunens namn kommer från en missionsstation som grundades strax före 1769, när lotsen Machados expedition utforskade dessa farleder. I slutet av 1766 besökte jesuitmissionären José García Alsué lagunen för att söka kanotfarande urfolk som han ville omvända och föra till missionen Cailín i Chiloé. Francisco Astaburuaga skrev 1899 att namnet kom från den missionsstationen.

För att nå sjön måste man först flyga till Puerto Montt och sedan resa med båt eller fordon genom den avlägsna regionen. Vädret här ändras snabbt, så besökare bör packa lagerkläder och vattentåliga kläder för alla säsonger.

Lagunen hyser en bofast population av sjöleoparder, ovanligt för Chile där iakttagelser på andra håll är sporadiska. Studier visar att djuren återvänder till samma plats och använder isberg från San Rafael-glaciären som plattformar för vila, pälsbyte och jakt.