Santa Margherita in Trastevere, Romersk-katolsk församlingskyrka i Trastevere, Rom, Italien.

Chiesa di Santa Margherita in Trastevere ligger vid piazza di Sant'Apollonia i Roms stadsdel Trastevere. Fasaden har två ordningar och kröns av ett kors med palmkvistar; på fronten står den dubbla dedikationen till sankta Margareta, jungfru och martyr, och sankt Emygdius, biskop och martyr. Inuti öppnar ett enda skepp med tunnvalv och halvrund absid mot tre sidokapell.

Kyrkan beställdes 1680 av kardinal Girolamo Gastaldi och byggdes om av arkitekten Carlo Fontana, vilket ändrade den ursprungliga orienteringen som gick tillbaka till 1288. Denna omvandling speglade barockperiodens förnyelseströmningar som omformade många byggnader i Rom.

Högaltarets altartavla är Giacinto Brandis ”Sankta Margareta besegrar demonen”, målad 1680–1683 för den återuppbyggda kyrkan; de ovala sidobilderna är av Giuseppe Ghezzi. I vänstra kapellet hänger Baciccios ”Obefläckade avlelsen mellan sankt Franciskus och sankta Klara”. Fasaden bär en dubbel dedikation, till sankta Margareta och till sankt Emygdius, biskop och martyr.

Kyrkan ligger vid piazza di Sant'Apollonia 13 i Trastevere, några steg från viale di Trastevere. Det intilliggande klostret har byggts om till bostäder, så kyrkans ingång är den enda tillgången. Fram till 1996 höll Confraternita di Sant'Emidio sina gudstjänster här; sedan den 2 februari 1997 har en präst från Roms vikariat hand om kyrkan.

Kyrkan bar också namnen Santa Margherita della Scala och Santa Elisabetta; nunnorna levde där som bizzoche utan klausurvot, vilket akterna från en visitation i Rom under Alexander VII bekräftar. Fasaden bär en dubbel dedikation, till sankta Margareta och till sankt Emygdius, biskop och martyr.